ご質問ありがとうございます。
工学部3年のSiMです。

iPadに入れるノートアプリは人によって様々ではありますが、私はOneNoteを使っています。
このアプリでは授業の資料などを貼り付けることができ、資料の上に直接書き込めますし、更にその横に空白がありますので板書を関連のあるところに書けるところが良いところだと思っています。

前述した通り、ノートアプリは使う人によって様々ですので最初は色々使ってみて、ご自身の使いやすいアプリを使ってみてはいかがでしょうか。